本區名稱首見於康熙三十三年鄭開極之「福建通志」卷五，山川誌；「石門山；旗干石西，一石中空如圓門，故名」道同年間改稱：「石門迅莊」，屬滬尾（含洼水）水師營，防衛石門、三芝兩鄉海岸。同治十年「海岸石門」膺選為淡水外八景之一（淡水廳誌）。民國九年日人始設「街庄制」（鄉鎮）仍名本區為「石門庄」。民國二十三年日人因本區石門洞係因海蝕而成，指定為天然紀念物：「海蝕石門」。緣本區下角濱海有一小坵矗立，中有一大洞，狀如拱門故也，因此民國三十四年後，沿襲而名為「石門鄉」，民國99年12月25日因應升格改制為「石門區」。

本區地處臺灣最北端，屬於臺北市的近郊，又位於淡水區與基隆市間，北海岸地區的中段，因受地形限制，早期對外聯絡不便，近年來因為臺北都會區的發展， 近郊觀光旅遊的盛行，加上本區特殊地表景觀 如火山地形與海岸地形，假日吸引 大批觀光人潮，所以對外聯絡關係日趨重要。東臨金山區、西連三芝區、南與臺北市北投區竹子山相接、北濱臺灣海峽，形狀似扇形，全區總面積五一、二六四 平方公里，東西寬約一一、六公里、南北長約九、五公里。

本所成立於民國40年7月，原所址為石門村中山路34號，民國75年改建為現有加強磚造的三樓建築於中山路28之1號，民國83年起，為加強醫療保健服務工作建置衛生所資訊系統，全面實施醫療門診及保健業務電腦化作業，另於民國91年重新內部空間規劃，所內寬敞乾淨，服務人員親切熱忱，提供民眾更多元、更親切、更便利的服務。截至103年6月，本區人口數統計共12648人，男性佔6588人，女性佔6160人，其中65歲以上老年人口佔總人口比例達15.2%；高比率的工作(生產)人口在籍不在戶情形，更加突顯獨居老人的人口數量。基此，本所為本區唯一之基層醫療機構，對於區內民眾之基本保健服務之提供責無旁貸。